La Asamblea General es el máximo órgano de dirección y gobierno de la Fundación Universidad de Popayán, de carácter fundacional. Es la encargada de velar porque la Institución permanezca arraigada bajo los principios sobre los cuales fue creada y trazar su orientación general.
Actualmente, está conformada por honorables personas que cuentan con una vocación de servicio a la comunidad y comparten los principios e inspiraciones de la Fundación Universitaria de Popayán.
- Mons. Omar Alberto Sánchez Cubillos, Arzobispo de Popayán (Presidente)
- Padre Nestor Solis
- Dra. María Cecilia Vivas
- Ing. Orlando Casas Santacruz
- Ing. Víctor Manuel Martínez Martínez
- Dra. María Cristina Trujillo
- Padre Diego Jaramillo Cuartas
- Padre Harold Castilla Devoz
- Padre Germán José Gándara Ricardo
